La diversité disciplinaire

Au fur et à mesure que l’open access s’impose dans les pratiques, des supports de formation sur les spécificités disciplinaires ainsi que leurs formats associés apparaissent. Les diverses disciplines sur CALLISTO

EN SCIENCES HUMAINES ET SOCIALES

• La Tgir Huma Num
• Nakala
• Oméka
• Matilda
• OPERA
• Gotriple
• EOSC-Pillar
• SSHOC
• Boite à outils gestion des données qualitatives
• Rendre les données qualitatives réutilisables
• Économie/gestion
• Étude de cas en économie/gestion

GÉOGRAPHIE

• En géographie

PHYSIQUE, CHIMIE

• Physique, chimie

SCIENCES DE L’ENVIRONNEMENT

• Principaux data papers en science de l’environnement
• Sciences de la Terre : plateforme EasyDATA
• Les données géographiques : LA DIRECTIVE INSPIRE
• Agriculture, environnement, alimentation : thésaurus INRAE
• En agriculture/agronomie : le vocabulaire contrôlé multilingue AGROVOC
• Parcours sciences de l’environnement
• En environnement/écologie : le référentiel taxonomique TAXREF et le thésaurus GEMET
•  En écologie : utilisation d’un standard de métadonnées en EML plus facile à utiliser que la directive INSPIRE

SANTÉ

• Les données de recherche en santé : Les données par principe doivent être aussi ouvertes que possible, aussi fermées que nécessaire. Les fermetures sont fixées par la loi. Il existe un certain nombre d’exceptions à l’ouverture
• Certification HDS des hébergeurs de données en santé
• Les données biomédicales
• Sciences de la vie : L’outil Bio.Tools : catalogue ouvert de logiciels et bases de données en sciences de la vie permettant aux scientifiques de trouver, comprendre, utiliser et citer les ressources dont ils ont besoin dans leur travail quotidien
• Dix règles pour le partage des essais cliniques doi : 10.1371/journal.pcbi.1010879
• Parcours de formation CALLISTO sur les données en bio-informatique
• Entrepôts de données biomédicales : mode d’emploi
• Les cohortes en santé
• Formation sur les données biomédicales : Les bases de données de référence (génomiques et protéiques) telles GenBank, UniProt, PDB (Protein Data Bank), KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes), etc comme GEO (Gene Expression Omnibus), ArrayExpress. Les bases de données des variations génétiques telles dbSMP (Single Nucleotide Polymorphism Database), GWAS Catalog (Genome Wide Association Studies). Les bases de référence des ontologies et des taxonomies comme GO, NCBI (National Center for Biotechnology Information).
• En médecine/santé : le thésaurus MeSH
• Entrepôts certification HDS données de santé
• Galaxie : analyse des données en génomique
• Sciences de la vie : recommandations d’EOSC-LIFE pour l’application des principes FAIR
• Épidémiologie et ouverture des données à caractère personnel
• Le service de recherche d’ontologies (OLS) est un référentiel d’ontologies biomédicales qui vise à fournir un point d’accès unique aux dernières versions d’ontologies. Vous pouvez parcourir les ontologies via le site Web.

CLIMATOLOGIE / PALÉOCLIMATOLOGIE

• Climatologie, en météorologie ou encore en océanographie : « netCDF » est un format de fichier comme csv qui permet la gestion de données scientifiques stockées sous la forme de tableaux. C’est un modèle de représentation des données qui s’applique bien pour structurer des données qui évoluent en fonction de certaines dimensions (temps, altitude, profondeur, latitude, longitude etc…). Il est recommandé pour les scientifiques et gestionnaires de données dans le cadre de la science ouverte par l’infrastructure de recherche Data Terra car il procure un cadre de standardisation international qui permet l’interopérabilité, la pérénnité et la réutilisation des données ». Doranum
• Création d’un thésaurus de paléoclimatologie
• Paléoclimatologie

ARCHÉOLOGIE

En archéologie : le thésaurus PACTOLS

LINGUISTIQUE

• Linguistique
• Doranum linguistique

MATHÉMATIQUES

• Codes et données de la recherche en mathématiques
• Mathématiques théoriques

DIVERS

CAT.INDORES

• Annuaire pour les données en environnement et biodiversité Cat indore : avec une fiche par base ou jeu de données.
• Catalogue utilisant des standards internationaux pour une bonne interopérabilité entre les systèmes
• Possibilité de lier des ressources : protocole d’acquisition, lien vers les données, vers des articles (HAL) : centralisation des informations.

DATA.INDORES

• Entrepôt Dataverse : consensus dans communauté recherche (INRAE, IRD, Recherche Data Gouv)
• Données stockées de manière sécurisée et pérenne au Centre de Calcul de l’IN2P3 (infrastructure nationale de recherche).
• Structuration par unité ou par projet (exemple ANR) pour une visibilité accrue.
• Possibilité embargo jusqu’à publication article
• Interface français/anglais
• DOI et format de citation pour réutilisation
• Licence CC-BY 4.

Mise à jour du 06/07/2024

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